Ambientato ad Astraea, una sacra collina dove sorge un complesso scolastico di tre accademie molto diverse tra loro, Strawberry Panic racconta la storia di Nagisa Aoi, una studentessa trasferitasi lì a causa di un viaggio di lavoro dei suoi genitori.
Ben presto Nagisa si rende conto che la vita all'interno delle mura scolastiche ha dei risvolti... particolari e che la sua nuova vita da studentessa nel rigidissimo istituto Miator sarà piena di situazioni che la metteranno a dura prova, soprattutto a causa di una misteriosa studentessa più grande che sembra proprio averla presa di mira.
A detta della Strega dello Svago Benny, questo anime è il capostipite dello yuri e la Strega Virtuale che lo ha tradotto e sta scrivendo queste parole non può che darle ragione, soprattutto dopo aver perso il conto del numero di volte che lo ha riguardato.